Прогимназия «Кристина» создана в декабре 1992 года  по ходатайству немецкой общественности города Томска (общество «Видергебург», совет ТННКА) и при поддержке немецких организаций МВД ФРГ – GTZ, VDA, как муниципальный образовательный комплекс «Школа-сад» с изучением немецкого языка как родного,  в рамках реализации Федеральной программы «Восстановление и развитие системы  непрерывного образования российских немцев». Именно поэтому, приоритетным направлением  деятельности прогимназии является поликультурное образование,  формирующее основы поликультурной личности через усиление этнокультурного аспекта в содержании основной и дополнительных образовательных программ.

Выбор данного приоритетного направления обусловлен долголетним и позитивным опытом реализации модели непрерывного бикультурного образования в прогимназии, а  также  современными требованиями, предъявляемыми обществом и государством, к личностным, интеллектуальным и другим качествам дошкольника и выпускника младшего школьного звена в соответствии с новым ФГОС.